Pembangunan awal pesantren turut mendapatkan bantuan dari Idaaroh Al Masaajid wal Masyaari’il Khoiriyyah, Saudi Arabia.
Pada tahap awal pembangunan, fasilitas yang tersedia terdiri atas sebuah masjid, dua lokal kantor, enam lokal ruang kelas dan lima lokal asrama.
Sejumlah sarana dan prasarana pendukung juga disiapkan untuk menunjang kegiatan pendidikan dan kehidupan para santri.
Dengan fasilitas tersebut, Ponpes Al Ukhuwah Sukoharjo kemudian mulai menjalankan sejumlah program pendidikan dan pembinaan keagamaan.
Pada masa awal penyelenggaraannya, Pondok Pesantren Al Ukhuwah Sukoharjo membuka beberapa program pendidikan.
Di antaranya Raudhatul Athfal atau RA, Madrasah Salafiyah Ula yang setara dengan jenjang sekolah dasar, serta program I’dad Du’at atau kaderisasi dai.
Selain itu, tersedia pula program I’dad Muhafizhah yang ditujukan bagi penghafal Al Quran putri.
Program pendidikan tersebut kemudian berkembang seiring meningkatnya kebutuhan masyarakat terhadap pendidikan Islam yang terintegrasi dengan pembelajaran Al Quran, ilmu syar’i dan bahasa Arab.
Pada tahap berikutnya, Ponpes Al Ukhuwah Sukoharjo membuka Madrasah Salafiyah Wustha yang setara dengan jenjang sekolah lanjutan tingkat pertama.
Pendidikan kemudian dilanjutkan dengan pembukaan Madrasah ‘Aliyah atau MA.
Pesantren juga mengembangkan program khusus Takhasus Bahasa Arab untuk memberikan pembelajaran bahasa Arab secara lebih mendalam kepada peserta didik.
Pengembangan lembaga pendidikan terus dilakukan oleh Yayasan Pendidikan Al Ukhuwah Sukoharjo.
