Kariernya dunia akademik berlanjut saat ia bergabung sebagai peneliti di Institut Manajemen Fakultas Ekonomi UI selama setahun mulai Agustus 1989 hingga 1990 di bulan yang sama.
Pada Agustus 1993 hingga 1995, kali ini Destry menjadi peneliti di Pusat Antar Universitas untuk Ekonomi, Fakultas Ekonomi UI. Pada saat itu, ia juga berkarier di Badan Analisa Keuangan dan Moneter (BAKM) Kementerian Keuangan (Kemenkeu).
Pada April 1997, Destry dipercaya menjadi ekonom di Citibank hingga Mei 2000. Ia lalu ditunjuk menjadi Senior Economic Adviser untuk Duta Besar Inggris untuk Indonesia selama tiga tahun.
Pada 2005, Destry menduduki posisi Kepala Ekonom Mendiri Sekuritas hingga 2011. Lalu, pada 2011–2015, ia dipilih sebagai Kepal Ekonom Bank Mandiri. Dalam kurun waktu tersebut, Destry juga menjabat sebagai Ketua Satuan Tugas Ekonomi Kementerian BUMN pada 2014-2015.
Baca Juga: Harga Emas Perhiasan Hari Ini 27 Juli 2026 Bervariasi, Paling Mahal Rp2.275.000 per Gram
Pada Mei 2015, Destry ditunjuk sebagai Ketua Panitia Seleksi (Pansel) calon pemimpin Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) oleh Presiden Joko Widodo.
Pada 2015-2019, Destry menduduki jabatan sebagai Anggota Dewan Komisioner Lembaga Penjamin Simpanan (LPS). Ia kemudian diusulkan oleh Presiden Jokowi menjadi Deputi Gubernur Senior BI pada 2019.
Destry kemudian resmi menjabat sebagai Deputi Gubernur Senior BI untuk masa jabatan 2019-2024 usai dilantik pada 7 Agustus 2019 berdasarkan Keputusan Presiden (Keppres) Nomor 74/P Tahun 2019.
Setelah masa jabatannya habis, Destry kembali ditunjuk menempati posisi yang sama untuk periode 2024-2029 lewat Keppres Nomor 74/P Tahun 2024. Kini, ia ditunjuk sebagai Gubernur BI sementara menggantikan Perry Warjiyo yang mengundurkan diri.
