Perjalanan keilmuan KH Zulfa kemudian berlanjut di lingkungan pesantren Kajen, Margoyoso, Pati, Jawa Tengah. Di sana ia berguru kepada sejumlah ulama besar, termasuk KH MA Sahal Mahfudh dan KH Rifa’i Nasuha.
Pengalaman tersebut membentuk pemikirannya dalam bidang fikih, ushul fikih, serta tradisi Bahtsul Masail yang menjadi ciri khas pesantren NU.
Saat ini KH Zulfa mengemban amanah sebagai Wakil Ketua Umum PBNU sekaligus Ketua Komite Fatwa Badan Penyelenggara Jaminan Produk Halal. Posisi tersebut membuatnya banyak terlibat dalam persoalan keagamaan, kebijakan publik, dan pelayanan umat.
Menjelang Muktamar Ke-35 NU, nama KH Zulfa Mustofa semakin ramai diperbincangkan sebagai salah satu figur yang dinilai memiliki kapasitas untuk memimpin organisasi Islam terbesar di Indonesia tersebut.
Melalui karya dan gagasannya, KH Zulfa menegaskan pentingnya menjaga kesinambungan tradisi pesantren, memperkuat keilmuan ulama, serta menjadikan NU sebagai kompas moral bagi bangsa.
