Dalam masa kepemimpinannya, Fatoni mendapatkan berbagai penghargaan dan apresiasi, termasuk dinobatkan sebagai Pj. Gubernur Terbaik berdasarkan penilaian Kemendagri bersama Tempo Media Group pada 30 Agustus 2024.
Ia meraih dua kategori sekaligus, yakni total kinerja terbaik dan kinerja terbaik bidang ekonomi daerah. Ia juga pernah mendapatkan penghargaan dari BAZNAS sebagai gubernur yang berhasil mendukung program BAZNAS di Papua.
Selain itu, yang terbaru, Fatoni juga meraih penghargaan Excellence in Regional Financial Governance 2026 dalam ajang Indonesia Top Achievements of The Year (ITAY) 2026, serta CNN Indonesia Awards 2024 kategori Most Inspiring Leader.
Baca Juga: Sambut Mudik Ramadhan, BAZNAS RI Berikan Layanan Servis dan Ganti Oli Gratis bagi 5.000 Motor
Di bawah kepemimpinannya, Pemerintah Provinsi Sumatera Utara juga meraih penghargaan Best Social Engagement dan Leading Public Infrastructure Management pada 9 Agustus 2024. Ia juga pernah mendapatkan penghargaan Pin Emas dari Kapolri tahun 2023 dan 2024.
