Sistem pendidikan Al Zaytun berpedoman pada sistem pendidikan terpadu yang mengarahkan peserta didik mengikuti skema pendidikan yang disebut dengan sistem pendidikan satu jalur, mulai dari tingkat paling dasar (SD) sampai tingkat paling tinggi (doktoral).
Dalam aktivitas pembelajaran sehari-hari, ponpes Al Zaytun menggunakan bahasa internasional, seperti bahasa Inggris dan Arab.
Sementara itu, kurikulum pendidikannya mengacu pada standar internasional.