Selama masa jabatannya hingga 12 Januari 2022, Agus aktif mendorong pembaruan pemikiran mengenai pertahanan, demokrasi, dan tata kelola keamanan. Ia dikenal sebagai tokoh yang memadukan perspektif akademik, militer, dan kebijakan publik.
Kontribusinya sering dirangkum dalam pandangan-pandangannya mengenai hubungan sipil–militer, strategi pertahanan, serta dinamika geopolitik kawasan. Tidak sedikit akademisi menyebutnya sebagai salah satu intelektual militer paling berpengaruh dalam dua dekade terakhir.
Karier Diplomasi: Dubes RI untuk Filipina
Pada 12 Januari 2022, Presiden Joko Widodo melantik Agus Widjojo sebagai Duta Besar Luar Biasa dan Berkuasa Penuh Republik Indonesia untuk Republik Filipina. Dalam kapasitas ini, ia juga merangkap untuk Republik Kepulauan Marshall dan Republik Palau.
Sebagai duta besar, Agus memainkan peran penting dalam:
- memperkuat kerja sama bilateral Indonesia–Filipina, terutama dalam keamanan kawasan, perdagangan, dan perlindungan WNI,
- membangun hubungan diplomatik yang progresif di Asia Pasifik,
- serta menyuarakan kepentingan regional Indonesia dalam isu keamanan maritim.
Dalam beberapa kesempatan pertemuan tingkat tinggi, Agus menyampaikan komitmen Indonesia terhadap stabilitas dan pemberantasan kejahatan lintas batas.
Agus Widjojo menghembuskan napas terakhir di RSPAD pada 8 Februari 2026 pukul 20.15 WIB. Usai dimandikan di RSPAD, jenazah disemayamkan di kediamannya di Puri Cikeas.
Ace Hasan Syadzily menjelaskan, “Rencana setelah dimandikan di RSPAD malam ini, jenazah akan disemayamkan di kediaman almarhum di Puri Cikeas. Kemungkinan almarhum akan dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata, Jakarta.”
Rencana pemakaman di TMP Kalibata menjadi bentuk penghormatan negara atas jasa dan kontribusi Agus Widjojo sepanjang hidupnya.
Agus Widjojo meninggalkan banyak warisan pemikiran bagi generasi penerus, di antaranya mengenai pentingnya hubungan sipil–militer yang sehat, pembaruan sektor pertahanan, dan strategi geopolitik Indonesia dalam lingkungan global yang terus berubah.
Ia juga dikenal melalui karya tulis, wawancara, serta kuliah umum yang menekankan pentingnya nilai kebangsaan, profesionalisme militer, dan integritas dalam kepemimpinan.
Bagi banyak orang, Agus Widjojo adalah representasi perwira intelektual: seorang pemimpin yang berpikir kritis, bekerja secara sistematis, dan mengabdi sepenuh hati pada republik.
