Selain berprestasi di level klub, Justin Hubner juga menjadi bagian penting dari Timnas Indonesia.
Sejak resmi menjadi Warga Negara Indonesia pada Desember 2023, Hubner telah mencatatkan 18 penampilan untuk skuad Garuda, termasuk dalam ajang Kualifikasi Piala Dunia 2026 zona Asia.
Bersama Jay Idzes dan Rizky Ridho, ia disebut sebagai benteng kokoh Garuda yang kerap tampil solid.
Hubner kembali dijagokan menjadi starter kala Timnas Indonesia menjalani laga krusial melawan China dan Jepang bulan depan.
