Pesta Babi juga menyoroti dugaan keterlibatan aparat militer dalam mengawasi dan mengamankan ekspansi proyek berskala besar tersebut. Tindakan tersebut pun disebut sebagai "kolonialisme modern" seperti yang disematkan dalam judul.
Salah satu sorotan tajam dalam film ini adalah simbol salib merah yang digunakan warga adat Papua sebagai bentuk penolakan terhadap perusakan hutan dan alih fungsi lahan di tanah adat mereka.
Sejumlah pesan dan penggambaran dalam film ini ditampilkan berisi kritik keras terhadap pemerintah sehingga dianggap menjadi pemicu adanya aksi pembubaran kegiatan nobar film Pesta Babi.
Film dokumenter ini juga dinilai oleh sebagian orang berisi banyak pesan provokatif dengan menampilkan keterlibatan aparat dan militer yang dianggap meningkatkan risiko konflik hingga perpecahan.
