Kendati demikian, kebijakan ini memunculkan dilema baru ketika wilayah-wilayah konservasi seperti Raja Ampat ikut dibidik.
Di satu sisi, hilirisasi dianggap sebagai strategi penting untuk meningkatkan nilai tambah ekspor dan menciptakan lapangan kerja.
Namun di sisi lain, kegiatan ini berisiko besar menimbulkan degradasi lingkungan, pencemaran, serta konflik sosial, apalagi ketika dilakukan di kawasan yang semestinya dilindungi.
