Salah satu temuan krusial KNKT menyasar masalah teknis persinyalan di petak jalur Stasiun Bekasi–Stasiun Bekasi Timur. Investigasi mendapati tidak adanya indikator sinyal kuning (peringatan untuk menurunkan kecepatan) sebelum KA Argo Bromo Anggrek berhadapan langsung dengan sinyal blok berwarna merah.
Namun di sisi lain, KNKT juga mencatat tindakan operasional masinis AN saat kejadian. Masinis tidak segera melakukan pengereman darurat (emergency brake) begitu menyadari sinyal blok menunjukkan warna merah.
Berdasarkan hasil pemeriksaan, keputusan menunda pengereman darurat tersebut diambil masinis karena mempertimbangkan risiko keselamatan mengingat posisi kereta saat itu berada di lintasan melengkung.
Selain masalah persinyalan dan respons pengereman, KNKT mencatat faktor komunikasi antarpetugas serta dinamika kondisi operasional di lapangan turut menjadi pemicu beruntun terjadinya Tragedi Bekasi Timur tersebut.
