Jabatan tersebut diembannya hingga 2015, sebelum kemudian dipercaya menjabat sebagai Sekretaris Jenderal Kementerian Pertanian.
Namun, rekam jejak Syukur Iwantoro tak lepas dari sorotan lembaga penegak hukum.
Namanya tercatat pernah beberapa kali bersinggungan dengan Komisi Pemberantasan Korupsi dalam kapasitas sebagai saksi.
Saat menjabat Sekretaris Jenderal Kementan, Syukur pernah diperiksa KPK terkait kasus dugaan suap pengurusan izin impor bawang putih yang menjerat mantan anggota Komisi VI DPR RI, I Nyoman Dhamantra.
Pemeriksaan tersebut bertujuan mendalami mekanisme dan kewenangan impor di internal Kementan.
Selain itu, ketika masih menjabat sebagai Direktur Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan, ia juga diperiksa KPK dalam perkara dugaan suap pengurusan impor daging sapi pada 2013.
Kasus tersebut melibatkan Direktur Utama PT Indoguna Utama, Maria Elizabeth Liman.
