Pada 15 April 2026, dirinya lalu diangkat sebagai Gubernur Lembaga Ketahanan Nasional (Lemhannas) RI oleh Presiden Joko Widodo.
Kemudian, pada tanggal 12 Januari 2022, Agus Widjojo dilantik sebagai Duta Besar Luar Biasa dan Berkuasa Penuh (Dubes) RI untuk Filipina.
