Kariernya di pemerintahan juga panjang, termasuk sebagai Staf Khusus Bidang Ekonomi di berbagai kementerian dan anggota Komite Ekonomi Nasional.
Sebelum berkiprah di pemerintahan, Purbaya meniti karier di sektor swasta dan riset, mulai dari Field Engineer di Schlumberger Overseas SA hingga Chief Economist di Danareksa Research Institute.
