Karier kepelatihan Munoz berawal pada tahun 2004, saat menjadi pelatih fisik klub Spanyol, Ue Llieda.
Dua tahun berselang, Munoz akhirnya ditunjuk sebagai pelatih kepala UE Llieda U-19 dari 2008 hingga 2011.
Baca Juga: Rumor Transfer Persib: Inilah Tujuh Pemain yang Dikabarkan Sudah Deal Gabung dengan Maung Bandung
Karier kepelatihannya semakin melesat, ketika dipercaya menjadi asisten pelatih Barcelona U-19, hingga tahun 2015.
Pelatih berusia 45 tahun tersebut pun sempat menjadi asisten pelatih Barcelona B, pada tahun yang sama.
Pada tahun 2019, Munoz mengambil langkah besar dengan meninggalkan Spanyol dan hijrah ke Asia.
Tahun 2015 ia resmi ditunjuk menjadi asisten pelatih klub Tiongkok, Qingdao Huanghai. Dan sempat merapat ke SD Luneng selama satu musim pada 2019.
Kini, Munoz sendiri sedang menahkodai klub Liga Kamboja, Svay Rieng sejak tahun 2023.
Di level timnas, ia pernah menjadi asisten pelatih China pada tahun 2022 silam.